Japaninpihlaja kasvaa laajalla alueella itäistä Aasiaa, erityisesti Japanissa ja yleensä vuoristoalueilla. Tämän suuresti muuntelevan pihlajalajin on kuvannut tieteelle ruotsalainen pihlajatietäjä Theodor Hedlund. Suomeen ensimmäiset puut on istutettu 1950-luvun lopulla, mutta kaupallisesti japanininpihlajaa on viljelty vasta 1990-luvulta lähtien, edelleen hyvin harvinaisena, vaikka se on komea ja talvenkestävä koristepuu.
Japaninpihlaja on laajalla levinneisyysalueellaan monimuotoinen ja kasvaa joko pensasmaisena tai kymmeneen metriin yltävänä, melko pystyoksaisena ja keilamaisena puuna. Silmut ovat jonkin verran tahmeat ja kertolehtien lehdykät pitkäsuippuisia, toissahaisia. Lehdet ja kukinnot ovat yleensä kookkaammat kuin kotimaisella pihlajalla. Sahalinin saarelta peräisin olevilla japaninpihlajilla on komean punainen lehdistön kevätväri.
Japaninpihlaja erottuu kotipihlajasta (S. aucuparia) erityisesti syysvärityksellä, joka on usein mahtava punakeltainen tai hehkuvan viininpunainen ryöpsähdys. Mustilassa on hyvä mahdollisuus vertailla eri alkuperää olevia puita niin kasvutavan kuin syysvärityksenkin osalta, sillä täällä kasvaa japaninpihlajia Sahalinilta, Hokkaidolta ja Keski-Koreasta. Kaikki ovat menestyneet hyvin, mutta ulkoinenkin vaihtelu niiden välillä on suurta.