Научный статус липы сибирской в роду лип до сих пор остается неясным, поскольку, судя по тому, где она встречается в природе, она является логическим продолжением евроазиатской липы сердцевидной (Tilia cordata), ареал которой протянулся почти до Томска. В российских источниках ее по-прежнему отделяют от липы сердцевидной, считая отдельным видом (T. sibirica). Специалисты по сибирской растительности называют ее красноярской липой.
Леса, в которых произрастает липа сибирская, отличаются от тех, где растет липа сердцевидная, поскольку местность является самой влажной во всей Сибири. Среднегодовое количество дождевых осадков, согласно статистике, превышает 1800 мм в год, а снежный покров достигает более двух метров в толщину, из-за чего земля совсем не промерзает. Поэтому слой опавших на землю листьев к весне успевает полностью сгнить. Деревья стройные, с расположенными на большей высоте ветками, и из-за обилия воды часто страдают от ржавчинного грибка. В Финляндии, похоже, этот грибок не поражает деревья, поскольку условия здесь более сухие.
В Мустиле липа сибирская растет несколькими группами молодых деревьев, а также в перелеске, посаженном в 2003 году на северо-восточной оконечности Северного склона. Деревья хорошо растут даже на глинистой почве, однако лучше всего они себя чувствуют на склоне, где преобладает богатая питательными веществами почва.