Arboretumin korkein kohta on Kenkäkallioksi kutsuttu avokallio. Sen liepeillä kasvaa enimmäkseen alkuperäistä kituliasta männikköä. Etäämmällä lakialueilta maaperä on vähemmän karua ja kuivaa, ja siellä menestyvät palsamipihta (Abies balsamea), serbiankuusi (Picea omorika) ja makedonianmänty (Pinus peuce) yli 100 vuotta sitten perustetuissa metsiköissä. Nämä puut, varsinkin makedonianmänty, valtaavat itsekseen kylväytyen hiljalleen uutta alaa Kenkäkallion liepeillä.
Kataja eli kotikataja on maailman laajimmalle levinnyt havupuulaji. Se kasvaa kaikilla pohjoisen pallonpuoliskon mantereilla arktiselta tundralta subtropiikkiin. Tämä edellyttää hyvää sopeutumiskykyä erilaisiin olosuhteisiin. Katajan kasvupaikkavaatimukset ovatkin väljät. Sitä kasvaa sekä karuilla kallioilla että rehevissä lehdoissa.
Katajan kasvutapa vaihtelee pensasmaisesta, maata pitkin mataavasta pylväsmäiseen, joskus jopa puumaiseen muotoon. Eri muotoja esiintyy runsaasti näiden väliltä. Valikoituja muotoja myös tuotetaan ja myydään yleisesti lajikkeina.
Kataja kasvaa hitaasti ja sen hyväntuoksuisesta puuaineksesta tulee kovaa ja sitkeää. Puumaiset katajat voivat tulla jopa 15 metrin pituisiksi, sillä katajat korvaavat hitaan kasvun pitkäikäisyydellä. Suomessa vanhimmat katajat ovat lähes 1000-vuotiaita. Pylväsmäiset ja puumaiset katajat olivat pitkään rauhoitettuja, nykyäänkin niiden käytössä toivotaan malttia.
Katajan hedelmiä kutsutaan marjoiksi, vaikka ne oikeastaan ovat marjamaisen meheviä käpyjä. Kaksikotisella katajalla emi- ja hedekukinnot ovat eri yksilöissä. Pölytystä seuraavien kolmen vuoden kuluessa emiyksilöihin kehittyy ensin vihreitä, sitten sinisiä käpymarjoja. Katajanmarjoja on perinteisesti käytetty mausteena ja lääkkeenä. Niiden hartsipitoisuus on korkea, joten kovin paljon niitä ei kannata kerralla maistella.